太祖神武元圣孝皇帝，姓朱氏，名晃，本名为温，是宋州砀山人。他的先祖是舜帝时期司徒朱虎的后代。其高祖朱黯，曾祖朱茂琳，祖父朱信，父亲朱诚。皇帝就是朱诚的第三个儿子，母亲是文惠王皇后。（《五代会要》记载：梁肃祖宣元皇帝名朱黯，是舜司徒朱虎四十二代孙；开平元年（公元907年）七月，被追尊为宣元皇帝，庙号肃祖，葬于兴极陵。敬祖光献皇帝名朱茂琳，是宣元皇帝的长子，母亲是宣僖皇后范氏；开平元年（公元907年）七月，被追尊为光献皇帝，庙号敬祖，葬于永安陵。宪祖昭武皇帝名朱信，是光献皇帝的长子，母亲是光孝皇后杨氏；开平元年（公元907年）七月，被追尊为昭武皇帝，庙号宪祖，葬于光天陵。烈祖文穆皇帝名朱诚，是昭武皇帝的长子，母亲是昭懿皇后刘氏；开平元年（公元907年）七月，被追尊为文穆皇帝，庙号烈祖，葬于咸宁陵。）唐大中六年（公元852年）壬申年十月二十一日夜晚，他出生在砀山县午沟里。当晚，他所居住的房屋上方有红色的气体升腾而起。乡里人远远望见，都惊慌地跑过来，喊道：“朱家着火啦！”等赶到时，却见房屋完好无损。进屋后，邻居告知是有孩子诞生，众人都觉得十分奇异。他有兄弟三人，都还未成年时父亲就去世了，母亲带着他们寄养在萧县人刘崇的家里。皇帝成年后，不从事生产劳作，以自身的雄武勇猛而自负，乡里很多人都讨厌他。刘崇因为他慵懒懈怠，常常对他加以责打。只有刘崇的母亲从小就怜惜他，亲自为他梳理头发，还曾告诫家人说：“朱三不是平常人，你们应当好好对待他。”家人询问原因，她回答说：“我曾看见他熟睡的时候，化作一条赤蛇。”然而众人也并不相信。
唐僖宗乾符年间，函谷关以东地区连年饥荒，成群的盗贼聚集。黄巢借此机会，在曹州、濮州起兵，愿意归附的饥民共有数万。皇帝于是辞别刘崇家，和二哥朱存一同加入黄巢的军队，因为奋力作战屡次获胜，得以补任为队长。唐广明元年（公元880年）十二月甲申日，黄巢攻陷长安，派遣皇帝领兵驻扎在东渭桥。当时，夏州节度使诸葛爽率领所部驻扎在栎阳，黄巢命令皇帝去招抚晓谕诸葛爽，诸葛爽于是向黄巢投降。中和元年（公元881年）二月，黄巢任命皇帝为东南面行营先锋使，命令他攻打南阳，皇帝攻下了南阳。六月，皇帝回到长安，黄巢亲自在灞上慰劳他。七月，黄巢派遣皇帝向西在兴平抵御邠、岐、鄜、夏等地的军队，皇帝所到之处都立下战功。
中和二年（公元882年）二月，黄巢任命皇帝为同州防御使，让他自行攻取同州。皇帝于是从丹州向南进军，攻打左冯翊，攻克后，便占据了这座郡县。当时，河中节度使王重荣屯兵数万，联合各路诸侯，图谋复兴唐朝。皇帝当时与他相邻，多次被王重荣击败，于是向黄巢请求援兵。十次上表章请求，都被伪左军使孟楷隐瞒，未能送达黄巢处。皇帝又听说黄巢军队势力窘迫，部下将领离心，知道黄巢必定失败。同年九月，皇帝便与身边的人定下计策，斩杀伪监军使严实，率领全郡向王重荣投降。王重荣当天就飞速上表奏报朝廷。当时唐僖宗在蜀地，看了表章后高兴地说：“这是上天赐给我的啊！”于是下诏授予皇帝左金吾卫大将军之职，充任河中行营副招讨使，还赐名为全忠。从这以后，皇帝率领部下与河中军队一同出征，所到之处战无不胜。
中和三年（公元883年）三月，唐僖宗下制书任命皇帝为宣武军节度使，依旧充任河中行营副招讨使，并命令他等收复京城后，就可以前往镇所就职。四月，黄巢军队从蓝关向南逃窜，皇帝与诸侯的军队一同收复长安，之后便率领部下一支军队，持节符向东进发。七月丁卯日，进入梁苑。这时，皇帝三十二岁。当时蔡州刺史秦宗权与黄巢的残余势力联合起来肆意作恶，共同围困陈州。过了很久，唐僖宗才任命皇帝为东北面都招讨使。当时汴州、宋州连年遭遇饥荒，官府和百姓都很困苦，府库空虚，对外受到大敌攻击，对内骄纵的军队难以控制，战斗交锋日益激烈，人人都感到处境危险，只有皇帝的锐气更加振奋。这一年十二月，皇帝领兵到鹿邑，与黄巢的部众相遇，发兵攻击，斩首二千多级，于是带兵进入亳州，因此兼并了谯郡一带的地盘。
中和四年（公元884年）春天，皇帝与许州田从异等各路军队共同收复瓦子寨，斩杀贼军数万人。当时，陈州四周，贼军营寨相互可见，他们驱赶掳掠百姓，杀人充当食物，号称“舂磨寨”。皇帝分兵剿灭，大小战斗共四十次。四月丁巳日，收复西华寨，贼将黄邺单人独骑逃奔陈州。皇帝乘胜追击，擂鼓呐喊进军。恰逢黄巢逃走，于是进入陈州，刺史赵犨在马前迎接。不久听说黄巢党羽还在陈州北面的故阳垒，皇帝便直接返回大梁。这时，河东节度使李克用奉唐僖宗诏令，统领数千骑兵，与皇帝共同谋划破贼，在中牟北面联合兵力截击贼军，贼军在王满渡大败，很多人束手投降。当时贼将霍存、葛从周、张归厚、张归霸都在皇帝马前伏地请降，皇帝全都宽恕并接纳了他们，接着追击残余贼寇，向东一直追到冤句。
五月甲戌日，皇帝与晋军整顿军队返回汴州，安排李克用住在上源驿。随后以隆重的犒劳宴饮之礼相待，李克用醉酒后任性使气，皇帝心中不平。当夜，命令武装士兵包围并攻打他。恰逢大雨雷电交加，李克用因此能在电光中翻墙逃走，只杀死了他部下数百人。六月，陈州人感激解围之恩，在陈州为皇帝建立生祠。这一年，黄巢虽死，但蔡州的秦宗权接着成为大祸害，拥兵数万，攻陷相邻郡县，杀害掳掠官吏百姓，其屠杀残害的残酷程度，更甚于黄巢贼军，皇帝深以为患。七月，皇帝便与陈州军队一起在溵水攻打蔡州贼军，杀死数千人。九月己未日，唐僖宗加封皇帝为检校司徒、同平章事，封沛郡侯，食邑千户。
光启元年（公元885年）春天，蔡州贼军劫掠亳州、颍州二郡。皇帝率军前往救援，于是向东到焦夷，击败贼军数千人，生擒贼将殷铁林，将其斩首示众后回师。二月，唐僖宗从蜀地返回长安，改年号为光启。四月戊辰日，加封皇帝为检校太保，增加食邑一千五百户。十二月，河中、太原的军队逼近长安，观军容使田令孜侍奉唐僖宗前往凤翔。
光启二年（公元886年）春天，蔡州贼军势力更加猖獗。当时唐朝王室衰微，各道州的军队不听从王室调遣，所以秦宗权得以肆意作恶，接连攻陷汝州、洛州、怀州、孟州、唐州、邓州、许州、郑州，方圆数千里，几乎荒无人烟，只有宋州、亳州、滑州、颍州勉强能够闭城坚守。皇帝多次出兵与他们交战，但有时胜有时败，人们都感到形势危急。
三月庚辰日，唐僖宗下制书封皇帝为沛郡王。当月，唐僖宗前往兴元。五月，嗣襄王李煴在长安僭越称帝，改年号为建贞。派遣使者带着伪诏到汴州，皇帝下令在庭院中烧毁。不久，襄王果然失败。七月，蔡州贼军逼近许州，节度使鹿宴宏派人前来求救，皇帝派遣葛从周等率军前往救援。军队还没赶到，许州城就已沦陷，鹿宴宏被蔡州贼军杀害。十一月，滑州节度使安师儒因军政懈怠，被部下杀害。皇帝听说后，便派遣朱珍、李唐宾袭击并夺取了滑州，从此就拥有了滑台之地。十二月，唐僖宗下制书加封皇帝为检校太傅，改封吴兴郡王，食邑三千户。
这一年，郑州被蔡州贼军攻陷，刺史李璠单人独骑前来投奔，皇帝宽恕并接纳了他，任命他为行军司马。秦宗权得到郑州后，更加骄横，皇帝派遣副将在金隄驿巡逻，与贼军相遇，于是发起攻击，贼军大败，一直追到武阳桥，斩首一千多级。皇帝每次与蔡州贼军在四郊交战，总是以少击多，常常出奇制胜，但只是担心兵力太少，不能完全实现自己的意图。秦宗权又因自己兵力是皇帝的十倍，却屡次战败感到羞耻，于是向众人发誓坚决攻打夷门。不久皇帝抓获蔡州的间谍，详细了解了此事，于是谋划增派援军。
光启三年（公元887年）春二月乙巳日，皇帝秉承制令任命朱珍为淄州刺史，让他到东道招募士兵，同时担心蔡州贼军践踏麦苗，约定夏初回归。朱珍到达淄州、棣州后，十天之内，应募的人就有一万多。又暗中袭击青州，获得一千匹马，铠甲数量与之相当，于是击鼓行军返回。四月辛亥日，抵达夷门。皇帝高兴地说：“我的大事有希望成功了。”当时，贼将张晊驻扎在北郊，秦贤驻扎在版桥，各有部众数万，所设营寨的栅栏相连长达二十多里，声势极为浩大。皇帝对各位将领说：“这些贼军如今按兵不动、积蓄力量等待时机，必定会来攻打我们。况且秦宗权估计我们兵力少，又不知道朱珍回来，认为我们畏惧，只会坚守不出。如今出其不意，不如先攻打他们。”于是亲自率兵攻打秦贤的营寨，将士们踊跃争先，贼军果然没有防备，接连攻克四座营寨，斩首一万多级，当时贼军都以为是有神相助。庚午日，贼将卢瑭率领一万多人在圃田北面的万胜戍，沿汴水两岸扎营，在河上架设桥梁，以控制运输通道。皇帝挑选精锐部队前去袭击。这天雾气弥漫，四周昏暗，军队到了贼军营垒附近贼军才发觉，于是冲入营垒掩杀，贼军跳入水中淹死的很多，卢瑭自己也投河自尽。河南的各路贼军接连战败，不敢再停留，都合并到张晊的营寨中。从此蔡州贼寇都心怀恐惧，常常在军中自相惊扰混乱。皇帝回师休整，大规模犒赏将士，因此军士们都心怀激愤，每次遇到敌人，无不奋勇作战。五月丙子日，从酸枣门出兵，从卯时战至未时，短兵相接，贼军大败，追击斩首二十多里，贼军尸体躺倒一片。秦宗权以战败为耻，更加肆意暴虐，于是亲自从郑州率领几名突击将领，直接进入张晊的营寨。当天晚上，有颗大星坠落于贼军营垒，响声如雷。辛巳日，兖州、郓州、滑州的军士都前来救援，于是在汴水岸边列阵，旌旗招展，兵器铠甲十分壮观。蔡州贼军望见，不敢出寨。第二天，分布各路军队，一齐攻打贼军营寨，从寅时到申时，斩首二万多级。到了夜里收兵，缴获的牛马、辎重、人口、兵器铠甲数不胜数。这天夜里，秦宗权、张晊逃走，天快亮时追击，追到阳武桥后返回。秦宗权到郑州，就放火烧毁城中房屋，屠杀城中百姓后离去。起初蔡州贼军分兵侵犯陕州、洛州、孟州、怀州、许州、汝州，都先占据了这些地方，因为这次战败，贼军恐惧，全都弃城逃走。皇帝于是精心挑选将领辅佐，让他们修缮壁垒，做好作战防守的准备，于是远近流亡的百姓又纷纷回来了。这时，扬州节度使高骈被副将毕师铎杀害，又有孙儒、杨行密互相攻伐，朝廷无法控制，于是加封皇帝为检校太尉，兼领淮南节度使。
九月，亳州副将谢殷驱逐刺史宋衮，占据了亳州；皇帝亲自领军驻扎在太清宫，派遣霍存讨伐平定了此事。皇帝抵御蔡州贼寇时，郓州朱瑄、兖州朱瑾都领兵来援。等秦宗权战败后，皇帝因为朱瑄、朱瑾与自己是同宗，又对自己有帮助，都以厚礼相待送他们回去。朱瑄、朱瑾因为皇帝的军士勇猛强悍，内心喜爱，于是暗中在曹州、濮州边界悬挂金帛来引诱他们，皇帝军中贪图财物而去投奔的人很多，皇帝于是发檄文斥责他们。朱瑄回信言辞不恭，皇帝就命令朱珍攻打曹州、濮州，以惩戒他们的奸诈。不久，朱珍攻打曹州，抓获刺史丘礼献上，于是转移兵力围攻濮州。兖州、郓州与皇帝之间的矛盾，从此开始了。（《通鉴考异》引用高若拙《后史补》的记载：“梁太祖皇帝到梁园后，胸有大志。然而兵力不足，常常想对外掳掠；又担忧四面边境的祸难，常常有忧郁的神情。当时有人向他推荐敬秀才，敬秀才就对梁太祖说：‘您正想要图谋大事，辎重必定会被四面边境的势力侵犯。只要让您麾下的将士假装叛变逃走，您就向皇上奏报，并告知四周相邻势力，以亲自袭击叛徒为名。’梁太祖说：‘上天降下奇人，来辅佐我。’起初采用了这个建议，一施行就使兵力增加了十倍。”）
十月，唐僖宗命水部郎中王赞撰写纪功碑赐给皇帝。当月，皇帝亲自率领数千骑兵到濮州巡视军队，趁机在范县击败朱瑄的援军。丁未日，攻陷濮州，刺史朱裕单人独骑逃奔郓州。不久皇帝的军队被郓州军队打败，过了一个月才返回。十二月，唐僖宗派遣使者赐给皇帝铁券，又命翰林承旨刘崇望撰写德政碑赐给皇帝。闰月甲寅日，皇帝奏请让行营司马李璠暂代淮南留后，于是派遣大将郭言领兵护送他前往扬州就职。
文德元年（公元888年）正月，皇帝率军东进奔赴淮海地区，行军到宋州时，听说杨行密已经攻下扬州，于是返回。这时，李璠、郭言行军到淮水边上，被徐州军队阻拦，不能前进而返回。皇帝大怒，于是谋划讨伐徐州。二月丙戌日，唐僖宗下制书任命皇帝为蔡州四面行营都统，从此，各藩镇的军队，都受皇帝的指挥调度。
三月庚子日，唐昭宗即位。当月，蔡州人石璠率领一万多人劫掠陈州、亳州，皇帝派遣朱珍率领数千精锐骑兵擒获石璠献上。四月戊辰日，魏博节度使乐彦祯治军无方，他的儿子乐从训出逃到相州，派人来请求援兵。皇帝派遣朱珍率领大军渡过黄河，接连收复黎阳、临河两座城邑。不久魏军推举小校罗宏信为统帅。罗宏信被拥立后，派遣使者向汴州表示友好，皇帝优待并接纳了他，于是命令军队撤回。当月，河南尹张全义在河阳袭击李罕之，攻克了河阳。李罕之单人独骑出逃，于是向太原请求援兵，李克用为他派出一万骑兵救援。李罕之于是收拢自己的部众，与晋军联合，猛攻河阳。张全义形势危急，派遣使者向汴州求救，皇帝派遣丁会、牛存节、葛从周领兵前往救援，在温县大战，晋军与李罕之的军队都战败了。于是河桥之围得以解除，张全义回到河阳，皇帝便任命丁会为河阳留后。
五月己亥日，唐昭宗下制书任命皇帝为检校侍中，增加食邑三千户。戊辰日，皇帝故乡改名为衣锦，乡里命名为沛王里。当月，皇帝因为兼有洛州、孟州之地，没有西边的后顾之忧，准备大规模整顿军队，全力诛杀蔡州贼寇。恰逢蔡州人赵德諲献出汉水以南的土地归附朝廷，并且派遣使者向皇帝表示友好，还发誓齐心协力共同讨伐秦宗权。皇帝上表奏明此事，朝廷因此任命赵德諲为蔡州四面副都统。又任命河阳、保义、义昌三节度使为皇帝的行军司马，兼任粮料应接使。到这时，皇帝率领诸侯的军队与赵德諲会合，在汝水之畔讨伐蔡州贼军，于是逼近蔡州城。五天之内，设立二十八座营寨环绕城池，大概是仿照二十八星宿的数目。当时皇帝亲自冒着箭石督战，一天，飞箭射中他的左腋，鲜血浸湿了单衣，他回头对身边的人说：“不要声张。”九月，因为粮食运输供应不上，于是撤军。这时，皇帝知道秦宗权的残余势力不足为患，于是转移兵力去讨伐徐州。十月，先派遣朱珍领兵与时溥在吴康镇交战，徐州军队大败，接连收复丰、萧两座城邑；时溥带着少数骑兵逃进彭门。皇帝命令分兵攻打宿州，刺史张友带着符节印信投降。接着徐州人关闭城门坚守，皇帝于是命令庞师古屯兵驻守后返回。当月，蔡州贼军孙儒攻陷扬州，自称淮南节度使。
龙纪元年（公元889年）正月，庞师古攻下宿迁县，进军到吕梁。时溥率领两万军队，清晨逼近庞师古的军队摆开阵势，庞师古督促士兵迎战并击败了他们，斩首两千多级，时溥又逃回彭门。二月，蔡州将领申丛派遣使者前来报告，说在营帐中捆绑了秦宗权，还折断了他的脚将其囚禁起来。皇帝当天秉承制令任命申丛为淮西留后。没过多久，申丛又被都将郭璠杀害。当月，郭璠擒获秦宗权前来进献，皇帝派遣行军司马李璠、牙校朱克让用囚车将秦宗权押送到长安。到达长安后，唐昭宗驾临延喜楼接受俘虏，随即在独柳树下将秦宗权斩首。蔡州得以平定。唐昭宗下诏增加皇帝食实封一百户，赏赐庄园和宅第各一处。三月，又加封皇帝为检校太尉、兼中书令，进封为东平王，这是对他平定蔡州功劳的奖赏。
大顺元年（公元890年）四月丙辰日，宿州小将张筠驱逐刺史张绍光，聚众归附时溥。皇帝率领亲军前去讨伐，杀敌一千多人，张筠于是坚守城池。乙卯日，时溥出兵侵扰砀山县，皇帝派朱友裕率兵袭击，击败徐州军队三千多人，俘获沙陀援军石君和等三十人，在宿州城下将其斩首。六月辛酉日，淮南的孙儒派使者与皇帝修好，皇帝上表奏明此事，并请求将淮南节度使一职授予孙儒。辛未日，唐昭宗任命皇帝为宣义军节度使，充任河东东面行营招讨使，这是因为当时朝廷宰臣张浚要统兵讨伐太原。八月甲寅日，昭义都将冯霸杀死沙陀人所任命的节度使李克恭前来归降，皇帝奏请让河阳节度使朱崇节担任潞州留后。戊辰日，李克用亲自率领蕃汉步骑兵数万人围攻潞州，皇帝派葛从周率领勇猛的士兵，趁夜悄无声息地突破包围进入潞州。九月壬寅日，皇帝到达河阳，派部将李谠率军奔赴泽州、潞州，行军到马牢川时，被晋军击败。皇帝又派朱友裕、张全义率领精兵到郓州北部作为后援。不久朱崇节、葛从周放弃潞州返回。戊申日，皇帝在朝廷上责备诸将战败的罪过，将李谠、李重胤斩首示众，随后撤军。十月乙酉日，皇帝从河阳前往滑台。当时皇帝奉诏要讨伐太原，先派使者向魏博借道，魏博人没有答应。在此之前，皇帝派使者雷邺到魏博求购粮食，后来被牙军杀害。罗宏信害怕，所以不敢从命，于是与太原交好。十二月辛丑日，皇帝派丁会、葛从周率军渡过黄河夺取黎阳、临河，又命令庞师古、霍存攻下淇门、卫县，皇帝则慢慢率领大军跟在后面。
大顺二年（公元891年）春正月，魏军驻扎在内黄。丙辰日，皇帝与魏军交战，从内黄打到永定桥，魏军五次战败，被斩首一万多级。罗宏信害怕，派使者带着厚礼求和。皇帝下令停止焚烧抢掠并归还俘虏，罗宏信因此感激喜悦并听从命令。于是收军驻扎在黄河边上。八月己丑日，皇帝派丁会猛攻宿州，刺史张筠坚守城池，丁会于是率众在宿州城东修筑堤坝，堵塞汴水来浸泡城池。十月壬午日，张筠投降，宿州平定。十一月丁未日，曹州副将郭绍宾杀死刺史郭饶，献出曹州前来归降。当月，徐州将领刘知俊率领两千人前来归降，从此徐州军队势力衰落。十二月，兖州朱瑾率领三万军队侵犯单父，皇帝派丁会率领大军在金乡边界袭击并击败了他，杀敌两万多人，朱瑾单人匹马逃走。
景福元年（公元892年）正月，派遣丁会在兖州境内迁徙数千户百姓到许州。二月戊寅日，皇帝亲自征讨郓州，先派朱友裕在斗门屯军。甲申日，皇帝驻扎在卫南，有只飞鸟停在高高的城墙上，鸣叫得非常厉害。副使李璠说：“将会有不如意的事情发生。”当晚，郓州的朱瑄率领一万步兵和骑兵在斗门袭击朱友裕，朱友裕撤军向南离去。乙酉日，皇帝清晨去救援斗门，不知道朱友裕已经撤退，先到达斗门的人都被郓州军队杀死。皇帝追击郓州军队到瓠河，没有追上，于是把军队驻扎在村落间。当时朱瑄还在濮州。丁亥日，皇帝遇到朱瑄率兵准备返回郓州，朱瑄便前来冲击。皇帝策马向南奔驰，被贼军追得很紧，前面有一条深沟，皇帝跃马而过，张归厚手持长矛在后面奋力作战，皇帝才得以脱身。当时李璠和几名部将都被郓州军队杀死。五月丙午日，派遣朱克让率领众人去践踏兖州、郓州的麦子。十一月，派遣朱友裕率兵攻打濮州，攻克后，擒获刺史邵儒献上，濮州平定。于是命令转移军队去讨伐徐州。
景福二年（公元893年）四月丁亥日，庞师古攻下彭门，将时溥的首级砍下献上。八月，皇帝派遣庞师古转移军队攻打兖州，驻扎在曲阜，与朱瑾多次交战，都击败了他。十二月，庞师古派遣先锋葛从周率领军队攻打齐州，齐州刺史朱威向兖州、郓州告急。不久朱瑄率领援兵赶到，于是加固了营垒。
乾宁元年（公元894年）二月，皇帝亲自率领大军从郓州东路向北驻扎在鱼山。朱瑄侦察得知后，立即率兵径直赶来，企图速战速决。皇帝整顿军队出营寨，当时朱瑄、朱瑾已经在前面摆好阵势，不一会儿，东南风大起，皇帝军队的旌旗被吹得杂乱无章，将士们很是害怕，皇帝当即命令骑兵扬鞭呼啸。不久西北风突然刮起，当时两军都处在草丛之中，皇帝于是下令放火。随后烟火遮天蔽日，皇帝趁机攻打贼军阵营，朱瑄、朱瑾大败。被杀一万多人，残余部众逃进清河，于是在鱼山之下筑起京观（古代战争中，胜者为炫耀武功，收集敌军尸体，封土而成的高冢），驻军几天后返回。
乾宁二年（公元895年）正月癸亥日，派遣朱友恭率军再次讨伐兖州，于是挖壕沟包围兖州城。不久，朱瑄从郓州率领步兵和骑兵运送粮草，想要进入兖州，朱友恭设下埋伏打败了他，在高吴将他的军饷全部夺走，趁机擒获了蕃将安福顺、安福庆。二月己酉日，皇帝率领亲军驻扎在单父，作为朱友恭的后援。四月，濠州、寿州二州又被杨行密攻陷。这时，太原派遣将领史俨儿、李承嗣率领一万骑兵快速进入郓州。朱友恭于是返回汴州。八月，皇帝率领亲军讨伐郓州，到达大仇，派遣前军挑战，在梁山设下埋伏等待敌军。不久擒获蕃将史完府，夺得几百匹马。朱瑄脱身逃走，又回到郓州。十月，皇帝驻军在郓州，齐州刺史朱琼派遣使者请求投降，朱琼就是朱瑾的堂兄。皇帝于是转移军队到兖州，朱琼果然前来投降。不久，朱琼被朱瑾欺骗，被劫掠并杀害，皇帝就任命他的弟弟朱玭为齐州防御使。十一月，朱瑄又派遣将领贺瑰、柳存以及蕃将何怀宝等一万多人袭击曹州，希望能解除兖州之围。皇帝得知后，从兖州领军骑马抄近路赶到钜野南面，追上并打败了他们，几乎将其全部杀死，生擒贺瑰、柳存、何怀宝以及贼党三千多人。这天申时，狂风骤起，沙尘飞扬，皇帝说：“这是杀人还不够的缘故。”于是下令将所俘获的囚犯全部杀死，风也停了。第二天，将贺瑰等人捆绑起来带到兖州城下示众。皇帝一向知道贺瑰的名声，于是释放了他，只在兖州城下斩杀了何怀宝，然后撤军。十二月，葛从周领兵再次讨伐兖州。到达后，与朱瑾在营垒下交战，杀死一千多人，擒获他的将领孙汉筠以下二十人，然后撤军。
乾宁三年（公元896年）正月，河东李克用攻破邠州后，想要谋求称霸，于是派遣蕃将张污落率领一万骑兵在黄河北岸的莘县扎营，声称要救援兖州、郓州。魏博节度使罗宏信为此担忧，派人前来求援。二月，皇帝率领亲军驻扎在单父，恰逢寒食节，皇帝于是亲自到砀山县午沟里拜谒文穆皇帝陵。四月辛酉日，黄河水泛滥，即将冲坏滑州城。皇帝下令决开堤岸，使水势分成两条河流，从滑州城两侧向东流去，造成的灾害更加严重。当月，皇帝派遣许州刺史朱友恭率领一万士兵渡过淮河，根据实际情况相机行事。当时洪州、鄂州多次派遣使者求援，所以有了这次行动。五月，命令葛从周领军驻扎在洹水，以防备蕃军。六月，李克用率领蕃汉各军在斥丘扎营，派遣他的儿子李落落率领三千铁林小儿骑兵逼近洹水，葛从周与之交战，大败敌军，生擒李落落献上。李克用悲痛惊骇，请求恢复旧日的友好关系来赎回他的儿子，皇帝不答应，于是将李落落押送到罗宏信那里，将其斩首。过了七天，皇帝的军队撤回驻扎在阳留，准备讨伐郓州。八月，再次在洹水扎营。这时，唐昭宗到华州，派遣使者加封皇帝为检校太师，守中书令。
乾宁四年（公元897年）正月，皇帝凭借洹水的军队大举讨伐郓州。辛卯日，在济水岸边扎营，庞师古命令各位将领砍伐树木搭建桥梁。乙未日夜晚，庞师古率领中军率先渡河，军队的声势震动郓州，朱瑄听说后，放弃营垒连夜逃走。葛从周追击他到中都北面，擒获朱瑄及其妻子儿女献上。不久在汴桥下将朱瑄斩首。郓州平定，乙亥日，皇帝进入郓州，任命朱友裕为郓州兵马留后。当时皇帝听说朱瑾与史俨儿在丰沛一带搜刮粮食军饷，只留下康怀英防守兖州，皇帝于是乘胜派遣葛从周率领大军袭击兖州。康怀英听说郓州失守，不久又看到皇帝的大军到来，于是出城投降；朱瑾、史俨儿于是逃奔淮南。兖州、海州、沂州、密州等州平定。于是任命葛从周为兖州留后。五月丁丑日，朱友恭派遣使者上奏，说在武昌大破淮寇，收复了黄州、鄂州二州。八月，陕州节度使王珙派遣使者前来请求援兵。当时，王珙的弟弟王珂实际上是蒲州节度使，两人相互怨恨，天天发生争斗，而王珙兵力少，所以来求援。皇帝派遣张存敬、杨师厚等领兵前往陕州，不久与蒲州军队在猗氏交战，大败蒲州军。九月，皇帝因为兖州、郓州已经平定，将士们勇猛善战，于是大举南征。命令庞师古率领徐州、宿州、宋州、滑州的军队直趋清口，葛从周率领兖州、郓州、曹州、濮州的军队径直奔赴安丰。淮人派遣朱瑾领兵抵御庞师古，趁机决开水堤淹没庞师古的军队，庞师古的军队于是被淮人打败，庞师古战死。葛从周行军到濠梁，听说庞师古战败，也命令撤军。
光化元年（公元898年）正月，皇帝派遣葛从周统领各位将领在崤山以东夺取土地，于是驻扎在邢州、洺州。三月，唐昭宗任命皇帝兼任天平军节度使，其他官职照旧。四月，沧州节度使卢廷彦被燕军攻打，弃城逃奔到魏州，魏州人将他送到汴州。当月，皇帝率领大军到达钜鹿，在城下驻扎，在青山口打败晋军一万多人，俘获一千多匹马。丁卯日，派遣葛从周分兵攻打洺州，斩杀刺史邢善益，擒获将领五十多人。五月己巳日，邢州刺史马师素弃城逃走。辛未日，磁州刺史袁奉滔自刎而死。五天之内，接连攻下三个州。于是任命葛从周兼任邢州昭义军节度使留后，皇帝随后撤军。这时，襄州节度使赵匡凝听说皇帝的军队在清口战败，暗中归附淮夷。七月，皇帝派遣氏叔琮率军讨伐他。不久，泌州刺史赵璠翻越城墙前来投降；随州刺史赵琳在阵前被擒获。
光化二年（公元899年）正月，淮南杨行密发动整个吴地的军队，有五万精良的士兵，来讨伐徐州，皇帝率领大军抵御他。杨行密听说皇帝亲自出征，于是撤军后退。当时幽州节度使刘仁恭大举发动蕃汉士兵号称十万来讨伐魏州，于是攻陷贝州，贝州一万多户百姓，无论老少全部被屠杀。刘仁恭进攻魏州，魏州人前来请求援兵，皇帝派遣朱友伦、张存敬、李思安等先驻扎在内黄，皇帝随后亲自出征。三月，与燕军在内黄北面交战，燕军大败，被杀两万多人，被夺走两千多匹马，擒获都将单无敌以下七十多人。（《通鉴》记载：单可及，是幽州的猛将，号称单无敌。）当月，葛从周从崤山以东率领他的部队，迅速赶来救援魏州。第二天，乘胜追击，各位将领张存敬以下接连攻破八座营寨，于是追逐燕军，向北追到临清，将燕军的残兵败将逼到御河，淹死的人很多。刘仁恭逃奔到沧州。六月，皇帝上表奏请任命丁会为潞州节度使，因为李罕之病情危急。又派遣葛从周从固镇路进入潞州，来支援丁会。七月壬辰初一，海州陈汉宾率领他的三千部下逃奔到淮南。戊戌日，晋军攻陷泽州。皇帝派人从潞州召回葛从周，留下贺德伦防守。不久，贺德伦被晋军逼迫，于是放弃潞州返回，从此潞州又被晋军占据。十一月，陕州都将朱简杀死留后李璠，自称留后，向皇帝表示愿意归附。
光化三年（公元900年）四月，派遣葛从周率领兖州、郓州、滑州、魏州的军队讨伐沧州。五月庚寅日，攻打德州，攻克后，在城上斩杀刺史傅公和。己亥日，进攻浮阳。六月，燕军统帅刘仁恭大举前来救援，葛从周与各位将领在乾宁军老鸦堤迎战，大败燕军，杀死一万多人，俘获燕军将佐马慎交以下一百多人。接着因为连续下雨，于是撤军。八月，河东派遣李进通袭击并攻陷洺州，擒获刺史朱绍宗。皇帝派遣葛从周从邺县渡过漳水，驻扎在黄龙镇，亲自率领中军渡过洺水扎营；晋军害怕，趁夜逃走，洺州又被平定。九月，皇帝因为刘仁恭、李进通的入侵，都是因为镇州、定州作为他们的后援，于是任命葛从周为上将讨伐镇州，于是攻下临城，渡过滹沱河包围镇州城。皇帝亲自率领军队随后赶到，镇州统帅王熔害怕，送上人质请求结盟，还献上二十万匹丝织品犒劳士兵，皇帝答应了他。十月，晋军因为皇帝在赵地屯兵，于是南下太行，猛攻河阳，留后侯言与都将阎宝奋力作战坚守，才得以保全。十一月，任命张存敬为上将，从甘陵发兵，向北侵犯幽州、蓟州，接连攻下瀛州、莫州二郡，于是转移军队攻打中山。定州统帅王郜率领两万精良的士兵在怀德亭作战，全部被歼灭。王郜害怕，逃奔到太原。天快亮时，大军聚集在城下，王郜的叔父王处直拿着印信钥匙请求投降，也献上三十万匹丝织品，皇帝于是让王处直代替王郜统领定州。当月，燕人刘守光前往中山救援，在易水边上扎营，接着被康怀英、张存敬等打败，斩杀俘获很多。从此河朔地区的势力知道害怕，都顺服了。
这一年，唐朝左军中尉刘季述将唐昭宗幽禁在东宫，立皇子德王李裕为皇帝，还派遣他的养子刘希度来说，愿意把唐朝的皇位交给皇帝。皇帝当时正在河朔地区，听说后，急忙返回汴州，大计还没有决定。恰逢李振从长安出使回来，于是对皇帝说：“竖刁、伊戾之乱，成就了春秋霸主的事业。如今宦官幽禁侮辱天子，大王如果不讨伐，就无法号令诸侯。”皇帝醒悟，于是请李振再次出使长安，与当朝宰相暗中谋划恢复昭宗皇位。
天复元年（公元901年）正月乙酉初一，唐朝宰相崔允暗中派人把皇帝的密旨告知侍卫军将孙德昭等人，命令他们诛杀左右中尉刘季述、王仲先等人，随即在东内迎接唐昭宗，昭宗登楼复位。癸巳日，唐昭宗下制书进封皇帝为梁王，以酬谢他复位的功劳。昭宗被废时，汴州驻京邸吏程岩拉扯着昭宗的衣服让他下殿。皇帝听说后，把程岩召到汴州，打断他的腿，送到长安，用杖打死。这时，河中节度使王珂与太原结成外援，皇帝发怒，派遣大将张存敬率领军队渡过黄河，从含山路大张旗鼓地前进。戊申日，攻下绛州。壬子日，晋州刺史张汉瑜献出晋州投降，皇帝当即任命大将侯言暂代晋州事务，何絪暂代绛州事务，晋州、绛州平定。己未日，大军到达河中，张存敬命令环绕城墙进攻。壬戌日，蒲州人扬起白旗请求投降。庚午日，皇帝到达河中，任命张存敬暂代河中军府事务，河中平定后，皇帝便向东返回。当月，李克用派遣牙将张特前来通好，请求恢复旧日的友好关系，皇帝也派遣使者回复。三月癸未初一，皇帝从河中返回。当月，派遣大将贺德伦、氏叔琮率领大军讨伐太原，氏叔琮等从太行路进军，魏博都将张文恭从磁州新口进军，葛从周率领兖州、郓州的军队从土门路进军，洺州刺史张归厚率领本部军队从马岭进军，定州刺史王处直率领本部军队从飞狐进军，晋州侯言从阴地进军。泽州刺史李存璋放弃泽州逃奔回太原。氏叔琮领兵逼近潞州，节度使孟迁请求投降。河东屯将李审建、王周率领一万步兵、二千骑兵到氏叔琮处归降，于是进军逼近太原。四月乙卯日，大军出石会关，在洞涡驿扎营。都将白奉国从井陉进军，收复承天军。张归厚领兵到辽州，刺史张鄂迎接投降。氏叔琮当天与各路军队到达晋阳城下，城中虽然不时派出精锐骑兵出战，但已经非常危急，打算逃跑了。恰逢氏叔琮因为粮草供应不上，于是撤军。五月癸卯日，唐昭宗任命皇帝兼任护国军节度使、河中尹。六月庚申日，皇帝从大梁出发。丁卯日，到河中上任，穿着素服到郊外，拜谒原节度使王重荣的坟墓。不久征召王重荣的儿子王瓒为节度判官，请求前宰相张浚为王重荣撰写碑文。皇帝自从中和初年归降唐朝，首先依附王重荣，到这时追思他旧日的恩德，所以对他的家人如此恩宠礼遇。七月甲寅日，皇帝东回梁地府邸。
十月戊戌日，皇帝奉密诏前往长安。当时，朝廷诛杀刘季述之后，任命韩全诲、张宏彦为两军中尉，袁易简、周敬容为枢密使。这时军国大政，专门委托给宰相崔胤，崔胤每件事都压制宦官，宦官对他怒目而视。崔胤有一天在便殿，上奏想要全部除去宦官，韩全诲等人躲在墙后听到了，曾在唐昭宗面前哀求自诉。从此唐昭宗告诫崔胤，每次有密奏，要封在囊中呈进。韩全诲等人于是寻访京城十多个美貌女子进献给昭宗，让她们刺探宫中的隐秘之事，唐昭宗没有察觉，崔胤的谋划逐渐泄露。宦官们对崔胤恨之入骨，用重礼和甜言蜜语引诱藩臣作为他们的依靠，时常在宴饮聚会时，就相对流泪。当时崔胤掌管三司的财货，韩全诲等人教唆禁兵等崔胤出门时，聚集起来呼喊鼓噪，诉说冬衣减少，又在唐昭宗面前诉苦；唐昭宗不得已，免去崔胤的知政事之职。崔胤发怒，急忙召皇帝请求带兵入朝辅佐，所以有了这次行动。戊申日，行军到河中。同州留后司马邺，是华州的幕僚官吏，献出同州投降。辛亥日，在渭滨驻军，华州统帅韩建派遣使者奉上书信表示归附，又拿出三万两银子资助军队。当天，行军到零口。癸丑日，听说长安大乱，唐昭宗被宦官韩全诲等人劫持迁徙，向西前往凤翔，大概是为了躲避皇帝的兵锋。第二天，皇帝便命令回师，晚上驻扎在赤水。乙卯日，大军聚集在华州城下，韩建惊慌失措，当即献城投降。丙辰日，皇帝上表奏请韩建暂代忠武军事务，催促他赴任。同州、华州二州平定。这时，唐朝太子太师卢知猷等二百六十三人联名呈状请求皇帝迅速迎奉昭宗。己未日，皇帝于是率领各路军队从赤水出发。壬戌日，驻扎在咸阳。侦察的人说：“天子昨天傍晚到岐山，第二天宋文通护驾进入岐城了。”这时，岐州人派遣大将符道昭领兵一万在武功屯驻抵御皇帝，皇帝派遣康怀英打败了他，掳获六千多甲士。乙丑日，驻扎在岐山，宋文通派遣使者奉上书信陈述自己的过错，请求皇帝入朝觐见。丙辰日，皇帝到达岐城城下，宋文通违背约定，关闭城门无法通行，又驻扎在岐山。这时，唐昭宗多次派遣使者带着朱书御札赐给皇帝，让皇帝收军回到本道。皇帝揣测说：“这一定是宋文通、韩全诲的计谋。”都不奉诏。癸酉日，迅速上奏章告辞，并且移军北伐。乙亥日，到达邠州，节度使李继徽献出邠州投降。李继徽于是请求去掉宋文通赐的李姓，恢复本宗杨氏，又请求献出自己的财物作为人质，皇帝都答应了，还给他改名为杨崇本。邠州平定。己丑日，唐朝丞相崔胤、京兆尹郑元规到华州，请求迅速迎奉昭宗，皇帝答应了。
天复二年（公元902年）正月，皇帝再次驻扎在武功，岐州人坚守营垒不出来迎战，于是皇帝回军到河中。二月，听说晋军大举南下，声称要来援救凤翔，皇帝派遣朱友宁率领军队与晋州刺史氏叔琮会合抵御晋军，皇帝率领大军跟在后面。三月，朱友宁、氏叔琮与晋军在晋州北面交战，大败晋军，生擒李克用的儿子李廷鸾。皇帝高兴，对身边的人说：“这是岐州人所倚仗的外援，如今既然如此，岐州的变故不久就要发生了。”四月，岐州人派遣符道昭率领大军驻扎在虢县，康怀英率领精锐骑兵打败了他。丁酉日，唐朝丞相崔胤从华州来拜见皇帝，多次讲述国运艰难危急，事情刻不容缓；又担心众宦官簇拥唐昭宗前往蜀地，并且告知皇帝，皇帝为之动容。崔胤将要告辞时，在官府设置宴席，皇帝举起酒杯，崔胤情绪哀伤激动，于是亲自拿着乐板，唱曲劝酒。皇帝非常高兴，在座中赏赐给他良马、珍玩等物品，崔胤走后，皇帝命令各位将领修缮兵器装备。
五月丁巳日，皇帝再次西征。六月丁丑日，驻扎在虢县。癸未日，与岐州军队大战，从辰时到午时，杀死一万多人，擒获他们的将校数百人，乘胜逼近他们的营垒。七月丙午日，岐州军队再次出城求战，皇帝的军队作战失利。当月，派遣孔勍率领军队夺取凤州、陇州、成州三州，都攻下来了。这时，岐州人相继在各山上结寨，来躲避皇帝的军队；皇帝分兵讨伐，十天之内，全部平定。九月甲戌日，皇帝因为岐州军队各营寨连接起来势力逐渐强盛，于是亲自率领一千骑兵登高观察。当时秋空澄澈晴朗，没有一点烟雾，忽然有像伞盖一样的紫云，凝聚在皇帝的军旗之上，很久才散去，观看的人都感到惊讶。这时，皇帝因为岐州人坚守营垒不战，并且担心军队疲惫，想要回师返回河中，于是秘密召见几位上将商议此事。当时亲从指挥使高季昌独自上前直言说：“天下的英雄豪杰，关注这次行动已经一年了；如今岐州人已经困窘，希望再稍等一等。”皇帝赞赏他的话，于是说：“兵法以用正当的道理为贵，靠奇谋取胜的是欺诈，抓住时机成就大事，必定要这样啊！”于是命令高季昌秘密招募人进入岐州欺骗他们，不久有骑士马景坚决愿意接受命令，并且说：“这次行动，一定没有活着回来的道理，希望能照顾我的妻儿。”皇帝凄然阻止他前往，马景坚决请求，皇帝才答应了他。第二天军队出动，（《北梦琐言》记载：当时因为朱友伦率领骑兵即将到达，准备大举出兵迎接他。）各个营寨像没有人一样隐蔽起来，马景于是跃马向西跑去，直接来到岐州城下，假装报告说军队怨恨而向东逃跑，并且说各营寨还留下一万多人，等到傍晚就要逃走了，应该赶快去袭击。李茂贞相信了他的话，（案：李茂贞就是宋文通，这里记载前后不一致，大概是沿用当时军中文书的说法，没有来得及统一修改。）急忙打开城门，出动全部兵力前来侵犯。当时各路军队都披甲备马等待着，中军一擂鼓，百座营垒的军队一起前进，又分别派遣几名骑兵占据城门。岐州人前进不能立足，后退又不能进入营垒，被杀戮践踏的人不计其数。李茂贞从此丧失胆量，只是关闭营垒罢了。十一月癸卯日，鄜州统帅李周彝（《新唐书》写作“李茂勋”，李茂勋就是李周彝。）率领一万多军队驻扎在岐州北面的原野，与城中举烽火相互呼应。第二天，皇帝因为李周彝已经离开本部，鄜畤必定没有守备，于是命令孔勍乘虚袭击并攻下了鄜畤。甲寅日，鄜州平定。李周彝听说后，收军逃走。李茂贞失去了鄜州的支援，惊恐地有了土崩瓦解的担忧，从此商议送回皇帝的车驾，诛杀宦官来赎罪。
天复三年（公元903年）正月甲寅日，岐州人打开营垒，唐昭宗派遣使者前来宣旨慰问犒劳，同时传达密旨。不久又命令翰林学士韩渥、赵国夫人宠颜带着诏书并押送赏赐给皇帝的紫金酒器、御衣玉带。丙辰日，华州留后李存审派遣快马前来报告，青州节度使王师范派遣牙将张厚用车装载着铠甲、弓箭、长矛，谎称前来进献，想要盗占州城，事情被发觉，已经将他擒获了。当天，王师范又派遣他的将领刘鄩盗占兖州。丁巳日，唐昭宗派遣宦官押送军容使韩全诲以下三千多人的首级给皇帝看。甲子日，唐昭宗离开凤翔，前往左剑寨，暂时驻扎在皇帝的军营。皇帝身穿素服等待治罪，唐昭宗命令学士传达旨意赦免他，皇帝随即入朝拜见，口称有罪，拜伏了好几次。接着唐昭宗急忙召他上殿，让他靠近自己的座位，并且说：“宗庙社稷是你重新建立的，我和皇室亲属是你再次救了性命。”于是解下自己所佩戴的玉带当面赐给皇帝；皇帝也亲自拜进玉鞍勒马、金银器、纹锦、御馔酒果等。等到皇帝的车驾向东行进，皇帝骑着马在前面引导了十多里，唐昭宗传旨让他停下。己巳日，唐昭宗到达长安，拜谒太庙，登上长乐楼。行礼完毕，对皇帝说：“我能活着回到旧都，是你的功劳。自古以来拯救君主于危难之中，还从没有像你这样的。何况今日又能再次来到宗庙，得以亲自捧着酒杯，在先皇帝的牌位前祭奠，你的恩德，我知道无法报答了！”随即拉着皇帝的手，声泪俱下了很久。第二天，在内侍省诛杀宦官第五可范等五百多人。三月庚辰日，下制书任命皇帝为守太尉、兼中书令、宣武宣义天平护国等军节度使、诸道兵马副元帅，增加食邑三千户，实封四百户，还赐号为回天再造竭忠守正功臣。
戊戌日，皇帝树立军旗东回，唐昭宗驾临延喜楼送行，酒兴正浓时，派遣内臣赐给皇帝自己创作的《杨柳词》五首。三月戊午日，皇帝回到大梁。当时因为青州还没有平定，命令军士休息整顿等待东征。四月丙子日，皇帝到临朐巡视军队，立即命令逼近青州城，与青州军队在城下交战，大败青州军。这天晚上，淮南将领王景仁率领所部援军趁夜逃走，皇帝派遣杨师厚追击到辅唐，杀死一千人，乘胜攻下密州。八月戊辰日，把讨伐叛逆的权力交给杨师厚，皇帝于是东回。九月癸卯日，杨师厚率领大军与王师范在临朐交战，青州军队大败，被杀一万多人，并且擒获王师范的弟弟王师克，当即转移营寨逼近青州城。辛亥日，偏将刘重霸擒获棣州刺史邵播前来进献。邵播是王师范的主要谋士，皇帝命令将他处死。戊午日，王师范献出青州城请求投降。青州平定。第二天，分别命令将校到登州、莱州、淄州、棣州等州夺取土地，都攻下来了。从此向东直到大海，都成为了梁的土地。皇帝又命令王师范暂代青州军州事务，王师范于是请求拿出二十万贯钱犒劳军队，皇帝答应了他。十月辛巳日，护驾都指挥使朱友伦因为打马球从马上坠落，在长安去世。讣告传来，皇帝大怒，认为是唐朝大臣想要谋反叛变，致使朱友伦突然死亡。十一月丁酉日，青州将领刘鄩献出兖州前来投降。刘鄩是王师范的将领，王师范命令他偷偷占据兖州很久了，等到听说王师范投降，刘鄩才归降。皇帝认为刘鄩能很好地侍奉他的主人，对待他非常优厚，不久任命他为元帅府都押牙，暂代鄜州留后。
天祐元年（公元904年）正月己酉日，皇帝从大梁出发，向西前往河中，京城的人听说后，为之震惊恐惧。这时，朝廷准备商议迎接唐昭宗东巡洛阳，皇帝担心唐朝大臣有不同意见，于是秘密命令护驾都指挥使朱友谅假托唐昭宗的命令，逮捕宰相崔胤、京兆尹郑元规等人并将他们杀死。（《欧阳史》记载：派遣朱谦在京城杀死崔胤，和朱友伦一起打马球的人都被杀死。）另外，邠州、岐州的军队侵犯逼近京城地区，皇帝因此上表，坚决请求唐昭宗前往洛阳，唐昭宗不得已听从了他的建议。皇帝于是率领各道的丁匠，集中财力，共同修建洛阳的宫殿，不到几个月就建成了。二月乙亥日，唐昭宗驻扎在陕州，皇帝从河中前来觐见，到行营拜见。皇帝流着眼泪说：“李茂贞等人暗中谋划祸乱，将要逼迫陛下，老臣没有什么才能，请求陛下东迁洛阳，这是为了国家的大计。”唐昭宗命令他到寝室拜见何皇后，何皇后面赐给他酒器和衣物。何皇后对皇帝说：“以后我们夫妇就托付给全忠你了。”说着就抽泣流泪。几天后，皇帝在陕州的私宅设宴请唐昭宗驾临。第二天，皇帝告辞回洛阳，唐昭宗设内宴，当时有宫女和唐昭宗附耳说话。韩建踩了一下皇帝的脚，皇帝急忙出去，认为他们要图谋自己，因此接连上奏章请求唐昭宗前往洛阳。（《十国春秋》《吴世家》记载，三月丁酉日，唐帝派遣密使带着用绢写的诏书向我们以及西川、河东等地告难，命令纠集藩镇，谋划匡复。诏书中说：“我到了洛阳，就会被全忠幽禁，诏书敕令都出自他的手中，我的意思再也无法传达出去了。”）
三月丁未日，唐昭宗下制书任命皇帝兼任判左右神策及六军诸卫事。这时，唐昭宗多次派遣宦官和内夫人传达旨意，对皇帝说：“皇后正在坐月子，不能上路，想在十月前往洛阳。”皇帝认为陕州是个小藩镇，不是皇帝长久停留的地方，期望在四月内东巡洛阳。闰月丁酉日，唐昭宗从陕郡出发。壬寅日，驻扎在谷水。当时，唐昭宗身边只有小黄门以及打球供奉、内园小儿二百多人，皇帝还是忌惮他们。这一天，皇帝秘密命令医官许昭远告发有变，于是在别的帐幕中设酒席，把他们召来全部杀死，都埋在帐幕下。在此之前，挑选了二百多人，形貌大小和内园的人一模一样，到这时让一个人抓住两个人，在埋人的地方把他们勒死，然后穿上他们的衣服、披上铠甲伪装自己。唐昭宗起初不能分辨，过了很久才察觉。从此，唐昭宗身边前后都是梁的人了。甲辰日，皇帝的车驾到达洛阳，皇帝与宰相百官引导唐昭宗入宫。乙卯日，唐昭宗任命皇帝为宣武、宣义、护国、忠武四镇节度使。当时皇帝请求把郓州授给张全义，所以有了这个任命。五月丙寅日，唐昭宗宴请群臣，说：“昨天在御楼前一夜之间丢失了赦书，幸亏梁王收得副本，不然就误事了，宰相们不能没有过错。”这天宴会期间，唐昭宗进入内宫，在内殿设便宴召皇帝，皇帝猜不透其中的事，不敢奉诏。唐昭宗又说：“你不想来，就让敬翔来。”皇帝秘密派敬翔出去，唐昭宗才作罢。己巳日，皇帝告辞东归。乙亥日，回到大梁。六月，皇帝派遣都将朱友裕率军讨伐邠州，因为节度使杨崇本反叛。癸丑日，皇帝西征，于是到洛阳朝见唐昭宗。七月甲子日，唐昭宗在文思鞠场宴请皇帝。乙丑日，皇帝从东都出发。壬申日，到达河中。八月壬寅日，唐昭宗在皇宫中遇弑，留下遗制让辉王李柷为继承人。乙巳日，皇帝从河中率军向西。癸丑日，驻扎在永寿，邠州军队不出战。九月辛未日，撤军。十月癸巳日，到达洛阳，到西内，在唐昭宗的灵柩前哭拜，拜见新君。辛丑日，下制书（案：原本有缺失文字。）皇帝西征归来。十一月辛酉日，光州派遣使者前来求援。当时光州归附皇帝，不久被淮南军队攻打，所以来请求援兵。戊寅日，皇帝南征渡过淮河，驻扎在霍丘，大肆掠夺卢州、寿州的边境，淮南军队于是放弃光州离去。
天祐二年（公元905年）正月庚申日，军队进攻寿州，寿州守军坚守壁垒，拒不出战。丁亥日，皇帝从霍丘回师。二月辛卯日，皇帝南征归来。甲午日，青州节度使王师范抵达大梁，皇帝以宾客之礼相待，不久上表奏请授予王师范河阳节度使一职。七月辛酉日，天子赐给皇帝迎鸾纪功碑，树立于洛阳。庚午日，派遣大将军杨师厚率领前军前往襄州讨伐赵匡凝。辛未日，皇帝南征，上表列举赵匡凝的罪状，削夺其官爵。
八月，杨师厚进军收复唐、邓、复、郢、随、均、房等七州。皇帝驻军于汉江北岸，亲自沿着江岸，规划军队渡江之地。九月甲子日，杨师厚在阴谷江口搭建桥梁以便军队渡江，赵匡凝率领两万士兵在江边列阵。杨师厚指挥军队进击，襄州军队大败，被斩杀一万多人。乙丑日，赵匡凝烧毁船只，率领亲军乘坐小船沿汉江逃走。丙寅日，皇帝渡江，到江中心时，船多次损坏，几乎沉没，等到靠岸，船就沉了。当天，皇帝进入襄城，巡视府署，发现府库钱财全都空了。只有西廊下有一座亭子，窗户完好，门锁得很严密，于是让人砸锁开门，里面有一个大柜子，锁得极为严实；又让人砸开柜子，里面有几百锭金银。皇帝于是感叹道：“乱兵入城后，公私财物肯定都被抢光了。这座府库应当有冥冥之中的神物守护，不让常人得到，是等着我来拥有吗！”于是将一百多锭金银赏赐给杨师厚。军队袭击荆州，留后赵匡明弃城沿长江三峡逃奔到蜀地。荆、襄二州被平定。皇帝任命都将贺瑰暂时统领荆州，杨师厚暂时统领襄州，并上表奏明此事。
十月丙戌朔日，天子任命皇帝为诸道兵马元帅。辛卯日，皇帝从襄州率领军队取道光州奔赴淮南；即将出发时，敬翔极力劝谏，请求回师以保全军队实力，皇帝没有听从。壬辰日，军队驻扎在枣阳，遭遇大雨，行军受到很大阻碍。军队到达寿春，寿春人坚壁清野来应对皇帝的军队。皇帝于是回师，驻扎在正阳。
十一月丙辰日，大军北渡。（《十国春秋》记载：柴再用抄截后军，斩首三千级，缴获辎重万计。）皇帝到达汝阴，对淮南之行深感后悔，烦躁不安的情绪愈发严重。（《师友杂志》记载：朱全忠曾与僚佐及游客坐在大柳树下，朱全忠独自说：“这棵树适合做车毂。”众人无人回应。有几个游客起身回应说：“适合做车毂。”朱全忠突然厉声说：“书生之辈就喜欢顺口附和打趣人，都是这类行径。车毂须用夹毂木，柳木怎么能做！”回头对左右说：“还等什么！”左右数十人揪住说适合做车毂的人，全部打死。）丁卯日，皇帝南征归来。辛巳日，天子任命皇帝为相国，总理百官事务。将宣武、宣义、天平、护国、天雄、武顺、佑国、河阳、义武、昭义、保义、武昭、武定、泰宁、平卢、匡国、武宁、忠义、荆南等二十一道划属魏国。（按《旧唐书》记载，还有忠武、镇国二道，此处缺漏记载。）进封皇帝为魏王，入朝可以不用小步快走，佩剑穿鞋上殿，朝拜时司仪不用直呼其名，同时赐予九锡之命。癸未日，唐中书门下上奏：“中书印已送交相国，中书公事暂且使用中书省印。”甲申日，中书门下上奏：“天下州县名称与相国魏王家讳相同的，请更改。”十二月乙酉朔日，皇帝辞让相国、魏王、九锡之命。丙戌日，京城各官署各自派遣官员携带本司的重要档案和官印前往魏国送交收纳。甲午日，天子因为皇帝坚决辞让九锡之命，于是派宰相柳灿前来，并且表达请皇帝接受的意思。丁酉日，皇帝再次辞让九锡之命，诏书大略说：“只是因为盛大的名号难以掩盖，美好的实绩必须彰显，应该暂且依从奏请，暂时不在典册上施行。”又将诸道兵马元帅改为天下兵马元帅。当时，皇帝因为唐朝百官服饰大多缺失，于是制作各种颜色的衣服，请求朝廷按等级赐予百官。百官的俸钱，也请求从第二年正月开始全额发放。
天祐三年（公元906年）正月，幽州、沧州起兵，准备进犯魏州。魏州人前来请求援兵，并且因为牙军骄横凶悍，打算诛杀他们，派遣亲信官吏臧延范秘密向皇帝报告，皇帝暗中答应了此事。乙丑日，皇帝向北出征。在此之前，皇帝的爱女嫁给了罗氏，这个月在邺城去世，于是把几千件兵器装在大袋子里，派遣客将马嗣勋率领长直军一千人，夹杂着工匠、民夫，扛着袋子进入魏州，声称是为皇帝的女儿设祭，魏州人相信了没有怀疑。庚午夜，马嗣勋率领他的部众与罗绍威的几百名亲军一同攻打牙军，黎明时将牙军全部杀死，死了七千多人，连婴儿小孩也没有留下。当天，皇帝驻扎在内黄，听到消息后，快马赶到魏州。当时魏州的大军正与皇帝的军队一同讨伐沧州，听说牙军已死，立即往回奔。皇帝的军队追到历亭，杀死几千叛贼，其余的人就簇拥着大将史仁遇据守高唐，皇帝派兵包围了他们。这个月，天子诏令河南尹张全义安排修造相国魏王的仪仗器物。
三月甲寅日，天子任命皇帝总领盐铁、度支、户部等三司事务，皇帝两次上奏章坚决辞让，于是作罢。四月癸未日，攻下高唐，城中军民无论老少全部被杀，活捉叛逆首领史仁遇献上，皇帝下令将其肢解。不久，又攻下澶、博、贝、卫等州，因为这些地方都被魏军残党占据。当时晋人围困邢州，刺史牛存节坚守壁垒，皇帝派遣符道昭率领军队救援，晋人于是逃走。五月，皇帝在洺州夺取土地，不久又进入魏州。七月己未日，从魏州回师。当天，收复相州，从此魏州境内全部平定。壬申日，皇帝从魏州返回。
八月甲辰日，因为沧州尚未平定，又下令向北出征。九月丁卯日，在长芦安营扎寨。一天晚上，皇帝梦见一条白龙依附在自己的两肩上，左右观望十分可怕，猛然惊醒。十月辛巳日，邠州杨崇本率领凤翔、邠、宁、泾、鄜、秦、陇等地的五六万军队来进犯，驻扎在美原，排列十五个营寨，气势十分强盛。皇帝命令同州节度使刘知俊、都将康怀英率领军队抵御。刘知俊等人大败邠州敌军，杀死两万多人，夺得三千多匹马，擒获敌军校官一百多人，杨崇本、胡章仅自己逃脱。十一月庚戌日，康怀英乘胜进军，于是收复鄜州。十二月乙丑日，皇帝因为文武常参官每月初一、初五、初九上朝，上奏请求准备廊餐，天子下诏听从。于是从长芦回师。（根据《旧唐书·哀帝纪》记载：戊辰日，李克用与幽州的军队一同攻打潞州，朱全忠的守将丁会率泽、潞二州向太原投降，李克用任命他的儿子李嗣昭为留后。甲戌日，朱全忠烧毁长芦的营地回师，是因为听说潞州失陷。）因为营寨内的干粮堆积如山，皇帝下令烧毁。沧州统帅刘守文因为城中断粮，于是写信给皇帝，请求留下剩余的粮食来救济饥民，皇帝为此留下十多囤粮食给他。（《容斋续笔》记载：沧州回师时，全部焚烧各营的物资粮食，在船上的就凿沉。刘守文给朱全忠写信说：“城中几万人，已经几个月没有吃的了，与其把粮食烧成烟，沉到水里变成泥，希望能乞求剩下的粮食来救济他们。”朱全忠为此留下几囤粮食，沧州人靠这些粮食得以度过难关。）